菌脫硫（Bacterial desulfurization）又稱生物浸硫法，即利用嗜硫桿菌能夠加速黃鐵礦氧化而達到脫硫的過程。脫硫速度與供氧量、水量、水質、溫度和酸堿度有關，與黃鐵礦的粒度、晶體亦有關。
化學原理
嗜硫桿菌生長在酸性環境中，較適宜的生長條件為溫度308 K，pH值2～3。通常認為，黃鐵礦氧化過程的首步是純化學性的，即細菌沒有參與作用，其反應式為：
2FeS2+2H2O+7O2=2FeSO4+2H2SO4
由上述反應獲得的硫酸亞鐵和硫酸，被亞鐵氧化硫代桿菌所利用，它們將亞鐵離子氧化成三價鐵離子，即
4FeSO4+O2+2H2SO4=Fe2(SO4)3+2H2O
三價硫酸鐵可與黃鐵礦再起作用，使黃鐵礦的氧化作用繼續進行下去。硫代氧化硫代桿菌在黃鐵礦氧化過程中的作用是氧化元素硫，使其成為硫酸，即：
2S+3O2+2H2O=4H+2SO4
這種硫酸可以在亞鐵氧化硫代桿菌作用下使亞鐵離子很快氧化成三價鐵離子。影響細菌脫硫速度的因素有供氧 量、水量、水質、溫度和pH值，此外還與 黃鐵礦的粒度和晶體結構有關
